后来在阿罗拉的居民和宝可梦的帮助下，究极防卫队使奈克洛兹玛恢复了光，毒贝比的世界也恢复了原貌。小智和他的毒贝比告别后，和同学们回到了阿罗拉地区。
小智独自前往乌拉乌拉岛挑战默丹的大考验，期间认识了阿塞萝拉，后者带着小智造访乌拉乌拉岛的守护神－卡璞?哞哞，并与其进行特训，小智的鬃岩狼人也控制住了自己目光火红时的强大力量，完成了大考验，得到了鬃岩狼人z。库库伊博士带着小智和同学们到波尼岛进行自由研究，他们见证了波尼岛岛屿女王的诞生。小智也完成了波尼岛的岛屿女王－哈普乌的大考验，并由皮卡丘选择了钢z作为大考验的奖励。
从大乱斗！皇家对战151！开始，小智参加了玛纳罗大会。在决赛！最强劲敌对决!!至诞生！阿罗拉的霸者!!中，格拉吉欧与小智展开决赛。格拉吉欧用银伴战兽击败了小智的美录梅塔，但随后被小智的皮卡丘击倒。随后格拉吉欧派出利用幻觉特性变成鬃岩狼人的索罗亚克与小智的皮卡丘对战。最终索罗亚克与皮卡丘两败俱伤，同时失去战斗能力。随后格拉吉欧派出自己的鬃岩狼人与小智的鬃岩狼人对决，最终不敌而落败。小智获得冠军。
在恶食大王来袭！z招式大决战!!中，小智，皮卡丘与皇家蒙面人和回归的四颚针龙击退了恶食大王。从最终对战！小智vs库库伊!!到阿罗拉最强的z！卡璞?鸣鸣vs皮卡丘!!，小智与库库伊博士进行全面对战，最终小智获得胜利。
在太阳与月亮与大家的梦想！中，小智送别了四颚针龙并决定回到真新镇；在谢谢阿罗拉！各自的启程!!中，小智将自己在阿罗拉地区的宝可梦寄托给库库伊博士，与同学们告别，回到真新镇。
回到关都后的某一天，小智和大木博士一起参加了枯叶市新的研究所——樱木研究所的落成典礼。在落成典礼上，研究所所樱木博士告诉与会者，在枯叶港很快就会出现一只极其稀有的宝可梦。小智听闻后迅速赶往那里，在小智面前出现的是传说的宝可梦洛奇亚。在与洛奇亚邂逅时，他还认识了一个叫小豪的男孩，两人共同乘着洛奇亚在关都地区的天空和海洋间穿梭。之后，小智和小豪一起回到了樱木研究所樱木博士感受到了小智和小豪的强大行动力，所以邀请小智和小豪成为他的研究所的特别研究员。花子担心小智从真新镇到枯叶市通勤过远，樱木博士表示可以让小智住在研究所。为了方便，花子把魔墙人偶留下来照顾小智的起居饮食。
之后，小智和小豪作为特别研究员的调查就拉开帷幕，他们首先调查了枯叶市里频繁出现的妙蛙草，接着前往伽勒尔地区的旷野地带亲眼目睹了超级巨化的卡比兽，还参加丰缘地区的对战开拓区?玻璃哨杯小智成功取得优胜，将偶遇的美咲走失的波加曼从关都地区送回神奥地区的雪峰市，前往城都地区调查凤王的目击情报等等。后来，小智和小豪前往伽勒尔地区观看了宝可梦世界锦标赛的决赛。比赛最终以丹帝打败阿渡告终，丹帝成功获得最强训练家——最强王者的称号。看了比赛的小智，希望能和丹帝进行对战。然而，就在比赛场外一只失控的极巨化暴噬龟开始到处破坏。小智和小豪尝试和暴噬龟战斗，但他们的攻击几乎无效。这时，小智的皮卡丘不小心也吸收了超极巨化的能量后超极巨化了。在丹帝的指导下，小智和皮卡丘打败了暴噬龟，暴噬龟也恢复了正常。第二天，丹帝接受了小智的挑战，和小智进行一场非官方对战，他还送给小智一条极巨腕带，比赛最终是丹帝取得了胜利。在回关都地区的途中，小智告诉小豪自己也要参加宝可梦世界锦标赛，并且总有一天要在正式的比赛中再战丹帝，并打败他。
一次，因为樱木博士的研究所停电，小智和小豪只好先回家休假，送小豪上了巴士的小智发现了小豪忘记带了东西特地将其送还给小豪，并认识了小豪的双亲还和他们共进晚餐。小智在冒险中也遇到了许许多多新的宝可梦加入队伍，其中包括有一只在小智的照料下成功从蛋里孵化、和小智波导相通的利欧路，还有被人抛弃的耿鬼，好战的伽勒尔大葱鸭和快龙等等。接着，参加世界锦标赛的小智，不断连胜，在卡洛斯地区击的娑罗市的对战庆典上击败了久别重逢的可尔妮后成功晋级超级级。然而，当小智遇到了和可尔妮同样是格斗属性的道馆馆主彩豆之后，他的连胜就此中断。他们在格斗道场的二对二比赛中，小智派出两只宝可梦都未能击败彩豆一只宝可梦，最难攻下的就是彩豆的八爪武师的蛸固。这突如其来的败仗使得小智大受打击，并在之后的对战中再次落败并且掉段到一般级。郁郁寡欢的小智在小豪的一番言语的鼓励和激励下，重整旗鼓，并迅速回到了超级级。并在湛蓝道馆和彩豆的对战中，和彩豆平局。
一天夜里，小智的极巨腕带开始发光。第二天，小智和小豪从樱木博士那里得知了伽勒尔地区有许多宝可梦在能量点之外突然间就极巨化的目击情报，于是动身前往调查。在到达该地区后不久，小智和小豪在微寐森林里走散了，小智遇到了苍响。后来，小智碰见了丹帝，并和他一起处理在伽勒尔周围失控的极巨化宝可梦。处理完毕后，他们最终遇到了洛兹会长和奥莉薇，小智应邀和洛兹在洛兹塔共进晚餐，席间洛兹向小智抛出橄榄枝，他希望能够像过去栽培丹帝那样栽培小智，但被小智婉拒。夜里，小智和小豪通话，并约好第二天会合。无极汰那出现在宫门市，暗夜降临伽勒尔，于是小智立刻赶完宫门市。在宫门市竞技场，小智让丹帝先行区阻止无极汰那，而自己则牵制洛兹。在对战中，小智利欧路进化成路卡利欧击败了洛兹。接着来到塔顶的小智和小豪目睹了丹帝的喷火龙败给了无极汰那，在苍响和藏玛然特的帮助下小智和小豪成功击败无极汰那。小豪在小智的帮助下收服了无极汰那，并将其交于木兰博士封存。
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